労働者に、法定労働時間（1日8時間、週40時間）を超えて時間外労働を行わせる場合には、原則として、あらかじめ使用者と労働者代表の間で「時間外労働・休日労働に関する協定届」（36協定届）を締結し、所轄労働基準監督署長に届け出ておく必要があります。
36協定届の範囲内であれば、法定労働時間を超える労働を行わせても罰則（6カ月以下の懲役または30万円以下の罰金）の対象となりません。
これを、36協定届の「免罰効果」といいます。
免罰効果は、どの時点で生じるのでしょうか。36協定を締結していれば、届出を行っていなくても、時間外労働を行わせて問題はないのでしょうか。
36協定は届出をしなければ効力が発生しない
36協定届について、労働基準法第36条第1項は、次のように規定しています。
§労働基準法
（時間外及び休日の労働）
第32条 使用者は、当該事業場に、労働者の過半数で組織する労働組合がある場合においてはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がない場合においては労働者の過半数を代表する者との書面による協定をし、これを行政官庁に届け出た場合においては、第32条から第32条の5まで若しくは第40条の労働時間（以下この条において「労働時間」という。）又は前条の休日（以下この項において「休日」という。）に関する規定にかかわらず、その協定で定めるところによつて労働時間を延長し、又は休日に労働させることができる。（以下略）
時間外労働や休日労働を行わせることができる要件として、「書面による協定をし、これを行政官庁に届け出た場合」となっています。
つまり、時間外労働を行わせるためには、36協定を締結するだけでは不十分であり、あらかじめ所轄労働基準監督署長に届け出ておくことが必要です。
届出を行わないまま時間外労働を行わせた場合には、「（要件を満たしていないのに）時間外労働を行わさせたこと」が法律違反となり、指導（是正勧告）の対象となります。
36協定届はいつまでに届出を行うべきか？
労基法に、36協定届の届出期限については明記されていません。
ただし、届出を行わなければ36協定届の免罰効果が発揮しない以上、原則として、36協定の有効期間が始まる前までに届け出を行う必要があります。
少なくとも、時間外労働や休日労働を行わせる日までに届出を行わなければ、法律違反の指摘を免れません。
なお、有効期間開始後の36協定届を労働基準監督署に届け出た場合には、会社保管用の控えに「届出日以前は無効」である旨のスタンプが押印されます。
36協定届と他の労使協定の違い
労働基準法には、様々な労使協定が規定されていますが、労働基準監督署長への届出が効力発生要件とされているのは36協定のみです。
他の労使協定は、届出自体が義務付けられていない、または、届出義務があっても届出が効力発生要件とされていません。
例えば、労働基準監督署長への届出が義務付けられている労使協定の一つに「1年単位の変形労働時間制に関する労使協定届」がありますが、労働基準法第32条の4には次のように規定されています。
§労働基準法
（1年単位の変形労働時間制）
第32条の4 使用者は、当該事業場に、労働者の過半数で組織する労働組合がある場合においてはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がない場合においては労働者の過半数を代表する者との書面による協定により、次に掲げる事項を定めたときは、第32条の規定にかかわらず、その協定で第2号の対象期間として定められた期間を平均し1週間当たりの労働時間が40時間を超えない範囲内において、当該協定（次項の規定による定めをした場合においては、その定めを含む。）で定めるところにより、特定された週において同条第1項の労働時間又は特定された日において同条第2項の労働時間を超えて、労働させることができる。（以下略）２～３ （略）
４ 第32条の2第2項の規定は、第1項の協定について準用する。
1年単位の変形労働時間制を導入するための要件は、「書面による協定により、次に掲げる事項を定めたときは」と規定されており、36協定届のときのように、届出が要件とはされていません。 届出義務は、同条第4項において、第32条の2第2項の準用することによって規定されています。
§労働基準法
（1か月単位の変形労働時間制）
第32条の2 使用者は、当該事業場に、労働者の過半数で組織する労働組合がある場合においてはその労働組合、労働者の過半数で組織する労働組合がない場合においては労働者の過半数を代表する者との書面による協定により、又は就業規則その他これに準ずるものにより、1カ月以内の一定の期間を平均し1週間当たりの労働時間が前条第1項の労働時間を超えない定めをしたときは、同条の規定にかかわらず、その定めにより、特定された週において同項の労働時間又は特定された日において同条第2項の労働時間を超えて、労働させることができる。2 使用者は、厚生労働省令で定めるところにより、前項の協定を行政官庁に届け出なければならない。
届出を行っていない場合には、届出義務違反として指導（是正勧告）が行われますが、労使協定の効力自体は否定されません。
例えば、通常は、1日8時間を超える労働が時間外労働となり、割増賃金の支払いが必要ですが、1年単位の変形労働時間制を導入し、所定労働時間を1日10時間と定めた場合には、その日は10時間を超えるまで割増賃金の支払いが必要ありません。
もし、届出をしていなければ労使協定の効力が発生しないのであれば、1日8時間を超える2時間を時間外労働として取り扱い、割増賃金を支払う必要があります。
しかし、届出を行っていなくても労使協定の効力は否定されないのであれば、届出義務違反としての指導はされたとしても、その日の労働については10時間までは所定労働時間として取り扱われ、割増賃金の支払い義務は生じません。
ただ、労使協定の効力に影響がないとはいっても、法律違反（届出義務違反）として指導されることに変わりはありません。
届出が必要な労使協定を締結した場合は、速やかに届出を行うように心がけましょう。